Kościół parafialny w Gdowie, od swoich początków, był pod wezwaniem Narodzenia Najświętszej Maryi Panny. Drewniany kościół, a raczej kaplica mogła być zbudowana choćby przed przyjęciem chrztu w 966 roku, mając na uwadze działalność na tych terenach misjonarzy słowiańskich w okresie państwa Wielkomorawskiego.
O wczesnym istnieniu kościoła gdowskiego wspominają opracowania z końca XIX wieku:
– księdza T. Gapczyńskiego, Przewodnik chrześcijanina rzymsko-katolickiego,
- W. Nowakowskiego, O cudownych obrazach.
Mamy tam wzmiankę: „Już przed rokiem 1085 stał w Gdowie kościół drewniany: kiedy zaś tenże został zbudowany i przez kogo został uposażony w dobra kościelne, jakie wreszcie przechodził koleje w ciągu wieków następnych i kiedy z drewnianego zamieniono go na murowany o tym milczą dziejopisy”.
Także „Słownik Geograficzny Królestwa Polskiego i innych państw słowiańskich” podaje: „Kościół w Gdowie należy do najdawniejszych w Polsce, istniał już bowiem przed rokiem 1075, a przechowuje metryki urodzin od roku 1598”.
Jan Długosz (1415-1480) w Kronikach łączy wybudowanie kościoła w Gdowie (ok. 1075-85) z rodem Gryfitów. Jedna gałąź tego rodu zasiedlała od czasów pierwszych Piastów ziemie na południe od Krakowa. Spotykamy przedstawicieli tego rodu nad Rabą, aż do początków XV wieku. Powstanie kościoła gdowskiego było w czasach gdy biskupem krakowskim był św. Stanisław ze Szczepanowa.
W tych czasach fundowanie kościołów było wynikiem wzrostu znaczenia ekonomicznego i społecznego danej grupy ludności, więc wynika z tego, iż Gdów był silną osadą, gdyż już na początku XIV wieku powstaje tu parafia z dużymi tradycjami duszpasterskimi.
Kościół murowany został wybudowany na początku XIV wieku. Był to nieduży kościółek z wieżyczką na dachu, składający się z dwóch części: z prostokątnej nawy oraz niższej absydy. Zgodnie z ówczesnym zwyczajem absyda z głównym ołtarzem skierowana była na wschód i lekko skręcona w prawo, a wejście znajdowało się od zachodu. Kościółek stał osobno, oddzielony od dzisiejszej dzwonnicy (wieży), którą ze względu na cechy budowy można przyjąć, jako wybudowaną w czasach wcześniejszych.
Powstanie murowanego kościoła po lewej stronie Raby budziło opory mieszkańców prawostronnej Raby, trudnej czasem do przebycia. Toteż powstały w związku z takim usytuowaniem kościoła (na wzniesieniu wśród stawów) liczne legendy, jak ta, iż kamień łamany pod Stryszową był przewożony w nocy przez woły na drugą stronę. To jako znak uznano, iż Matka Boska chce mieć świątynie na wzniesieniu przy drogach.
Pod murowanym kościołem w 1687 roku wybudowano kryptę grobową. Ten murowany gotycki kościół palił się aż trzy razy – od pioruna, w latach 1701, 1705, 1790.
Pożar w 1701 roku zniszczył tylko dach kościoła kryty gontem, a w 1790 roku zniszczył już opalony wcześniej kościół. W pożarze w 1705 roku spalił się nie tylko dach, ale również wnętrze kościoła. W czasie pożaru uszkodzone zostało sklepienie, okna i mury, aż do ołtarza św. Onufrego umieszczonego w ścianie, który częściowo ocalał. Spłonął średniowieczny obraz Matki Bożej malowany na desce.
Po roku 1790 przebudowano kościół. Obniżono opalone mury, obniżono okna, z gotyckich zamieniono na prostokątne, przedłużono nawę do wolno stojącej wieży, położono deskowane sklepienie płaskie, a wejście wykonano do kościoła od południa i północy. Dach pokryto gontem. Ustawiono wcześniej zamówione ołtarze.
Rozbudowany kościół poświęcił biskup Ziegler w 1826 roku.
Następna rozbudowa w latach 1864-65 za czasów księdza Kusionowicza.
Przedłużono prezbiterium o 12 metrów a na zewnątrz absydy wybudowano – Ogrojec. Na daszku Ogrojca ustawiono pięć figur kamiennych wykonanych przez kamieniarza – amatora z Gdowa. Od strony południowej dobudowano wieloboczną kaplicę Przemienienia Pańskiego (lub Serca Pana Jezusa), oraz zakrystię. 8 września 1864 roku nastąpiło poświęcenie nowych części kościoła, ołtarza i Ogrojca.
Za czasów proboszcza ks. Jana Smółki zmieniono pokrycie dachowe z gontu na dachówkę, ogrodzono teren kościelny murem ceglanym, we wnęce muru ustawiono figurę Matki Bożej Niepokalanej wykonaną z pińczowskiego kamienia. Podniesiono w 1938 roku wieżę o 5 metrów, nakrywając ją barokową kopułą. Po 1945 roku odnowiono wnętrze kościoła. W czasach księdza Jana Grzywny w latach 1967-69 wykonano strop beczkowy, zmieniono konstrukcję dachową, położono nowe tynki. Nadzorował budowę profesor W. Zin. Po generalnym remoncie w latach 1975-1977 za księdza Jana Sikory przeprowadzono renowację wnętrza kościoła, odnowiono ołtarze, ściany pokryto polichromią przedstawiającą stacje Drogi Krzyżowej i Tajemnice Różańca świętego według projektu docenta Uniwersytetu Jagiellońskiego Z. Pabisiaka, wykonano drzwi wejściowe ze sceną Zwiastowania. Odnowiony kościół poświęcił ksiądz kardynał Karol Wojtyła. Kolejno w latach 1994-1996 do ścian nawy głównej dobudowano nawy boczne. Rozbudowany tak kościół poświęcił ksiądz kardynał Franciszek Macharski 25 marca 1999 roku.
